شناسایی و گروه بندی خانواده عوامل رونویسی WRKY در جو

تنش‌‌‌‌‌های زیستی و غیر­زیستی از مهمترین عوامل محدود­کننده عملکرد گیاهان زراعی مانند جو هستند. عوامل رونویسی در تنظیم ژن‌های پاسخ ­دهنده به این تنش‌ها دخالت دارند که خانواده ژنی WRKY رمز کننده گروه بزرگی از آنهاست. بنابراین شناسایی و مطالعه این خانواده ژنی می‌تواند گامی موثر برای ایجاد تحمل به تنش‌ها در گیاهان باشد. در پژوهش حاضر، دانستنی‌های مربوط به اعضای خانواده WRKY جو از پایگاه‌های داده جمع آوری شدند. با انتخاب یک عضو از هر زیر گروه ژن‌های WRKY در برنج، tBLASTN در پایگاه داده‌های IBSC و NCBI انجام شد تا اعضای احتمالی دیگر این خانواده نیز اضافه شدند. بر اساس مدل مخفی مارکوف، جستجو برای توالی‌های دارای منطقه حفاظت شده WRKY علیه همه پروتئین‌های این خانواده و هر زیر گروه آنها انجام شد. اعضای پیدا شده که شامل 96 عضو و یک توالی از هر زیرگروه عوامل رونویسی WRKY از گیاهان آرابیدوپسیس، برنج و گندم بودند، به صورت چندگانه هم ردیف شده و درخت فیلوژنتیک آنها رسم شد. توالی‌های موجود بر مبنای تعداد پهنه‌های WRKY و ساختار انگشت روی موجود در سه ‌گروه دسته‌بندی شدند. بر این اساس ۱۳پروتئین در گروه I،3۰ پروتئین‌ با ساختار انگشت روی Cx7Cx23HxC در گروه III و بقیه پروتئین‌ها با ساختار انگشت روی Cx4-5Cx22-23HxH در گروه II قرار گرفتند. با توجه به نقش گروه III در تحمل گیاه به تنش­های زیستی و غیر زیستی، فزونی درصد حضور اعضای این گروه در جو همانند گندم نسبت به میانگین گیاهان عالی را می­توان با مضاعف شدگی در اجداد وحشی تک لپه ­ای­ ها و انتخاب طبیعی برای ارقام مقاوم‌تر در شرایط نامساعد محیطی در ارتباط دانست.